Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden mezun olan Canbeyli, meslek hayatına akademik alanda adım attı. Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde öğretim görevlisi kadrosunda başasistan olarak görev yaptı. Akademik kariyerinin ardından 1984 yılında kendi isteğiyle üniversiteden ayrılarak sağlık hizmetlerinin uygulama alanına yöneldi.
İzmir Yenişehir Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde cerrahi klinik şefi olarak görev alan Canbeyli, burada uzun yıllar klinik yönetimi ve cerrahi uygulamalar alanında çalıştı. 1999 yılında Harran Üniversitesi’nde cerrahi kliniği ana bilim dalı başkanı olarak görev üstlendi.
Mesleki çalışmalarını ulusal ve uluslararası platformlarda sürdüren Canbeyli; Dünya Laparoskopik Cerrahi Derneği ile Türkiye Cerrahi Derneği üyesidir. Cerrahi alanındaki gelişmeleri yakından takip eden Canbeyli, özellikle genel cerrahi ve laparoskopik cerrahi uygulamalarıyla tanınmaktadır.
Halen İzmir’de bulunan Özel Ege Yaşam Hastanesi’nde genel cerrahi direktörü ve mesul müdür olarak görev yapan Bahattin Canbeyli, sağlık hizmetlerinin yönetimi ve hasta odaklı cerrahi uygulamalar üzerine çalışmalarını sürdürmektedir.
Bahattin Canbeyli, 7 Haziran 2015 Genel Seçimleri’nde Halkların Demokratik Partisi’nden 25. Dönem milletvekili adayı olmuştur.